Gmelina arborea es una especie nativa de la India, presente a la familia de las Verbenaceae, con gran valor económico en el sector forestal colombiano, debido a las características de fácil adaptación, rápido crecimiento y los diferentes usos que se le dan a la madera. Una primera etapa para el desarrollo de programas de mejoramiento asistido por marcadores moleculares, requiere del conocimiento de la diversidad genética de la especie. Las técnicas de biología molecular y en particular los marcadores moleculares permiten conocer, caracterizar y estimar la diversidad genética y las relaciones entre los grupos de interés. La existencia de variabilidad entre las especies y poblaciones de la misma especie, conlleva a un beneficio a la hora de implementar programas de mejoramiento y selección de especies con interés agrícola y ecológico. En este estudio se evaluaron 68 individuos de Gmelia arbórea pertenecientes al programa de mejoramiento genético de la empresa Pizano S.A. Estos individuos pertenecen a dos colecciones : Pizano S.A y Camcore. El DNA fue aislado utilizando el protocolo de Stefenon et al (2004). El nivel de diversidad genética fue estimado utilizando marcadores moleculares AFLP aplicando el índice de similitud de DICE y agrupando las muestras utilizando el algoritmo UPGMA. Los resultaos obtenidos en el análisis de similitud mostraron una amplia diversidad entre las dos colección y baja al interior de cada una de ellas, permitiendo sugerir los posibles cruces en la siguiente fase del plan de mejoramiento de la especie. De igual manera se lograron establecer fingerprintings de cada uno de los clones evaluados, siendo este el primer paso en el proceso de certificación molecular de material forestal de propagación.