En Colombia, son aun escasos los estudios relacionados con la diversidad genética de especies endémicas de gran importancia para el país y especialmente para el caso de los peces. Partiendo de este hecho, los estudios que permitan comprender acerca de la genética de poblaciones naturales brindarían las bases necesarias relacionadas con los procesos biológicos de las especies naturales de valor económico y ecológico para nuestro país. A través de la genética de poblaciones se pueden conocer fenómenos como deriva genética, flujo de genes, migración, presión de selección, diversidad genética, filogenia y consaguinidad que en general son los fundamentos principales para conocer acerca del comportamiento de las especies naturales y los procesos de adaptación a un medio ambiente determinado. El presente estudio preliminar describe los avances logrados sobre la sistémica molecular de la especie separada de Pseudoplatystoma magdaleniatum, comparando los resultados otros individuos que pertenecen a las especies Pseudoplatystoma. Tres genes fueron empleados como marcadores moleculares para las pruebas de diversidad genética y comportamiento de las especies de estudios, lo gen Citocromo b (600 pb), el primer intron del gen Rag 1 (gen activador de recombinación) (600pb) y el primer intron del gen S7 (600 pb). Los resultados brindan una valiosa fuente información para el conocimiento técnico y académico sobre la caracterización genética de esta especie separada de Pseudoplatystoma magdaleniatum y acerca de la sistemática de este género que puede ser útil en futuros estudios de la ictiofauna Colombiana.