Diseñar sistemas de información para cooperar en ambientes complejos, plantea nuevos retos en teoría organizacional y requiere generar nuevas metodologías que permitan especificar e implementar modelos organizacionales. Los mecanismos de cooperación pueden ser estructurados usando servicios cooperativos inspirados en el comportamiento de un Sistema MultiAgente. Se realizó un estudio de diferentes metodologías de agentes y groupware, para extraer los elementos relevantes y así proponer una guía metodológica que facilite la elaboración de servicios cooperativos mediados por agentes. Se desarrolló un caso de estudio en donde se concluyó que al seguir los pasos de la guía metodológica propuesta facilita el proceso de implementación de servicios cooperativos.