Los ecosistemas acuáticos lóticos son esenciales para la vida y el bienestar económico de las sociedades humanas. La urgencia creciente de aliviar esta necesidad básica, ha conllevado a la alteración de estos ecosistemas de forma tal que los bienes y servicios que Proveen se reducen aceleradamente. La construcción de embalses representa un ejemplo de los esfuerzos de la humanidad para abastecer los requerimientos de las ciudades, el sector agropecuario y la industria. A partir del estudio de caso del río Ranchería, se realizó un análisis de los impactos causados a cuencas hidrográficas con interrupción transversal del cauce, se indagó sobre la aplicabilidad del concepto de caudal ambiental en las condiciones actuales de este río y se delinearon las pautas metodológicas más relevantes para el diseño de un programa de compensación. Con el análisis de la información recopilada se concluye que en la cuenca del río Ranchería se deben incrementar los esfuerzos para mantener y proteger su integridad ecológica, se debe aumentar los esfuerzos para conocer de manera integral la dinámica del río y así incorporar el concepto de caudal ambiental en las medidas de mitigación, finalmente se recomienda definir las medidas de compensación basadas en las directrices metodológicas propuestas.