Las cuencas hidrográficas de la ecorregión cafetera colombiana están sujetas a múltiples factores de estrés antrópico. Las diatomeas se han utilizado como indicadores para evaluar las condiciones ambientales de los ecosistemas acuáticos; sin embargo, el conocimiento regional de su ecología funcional es escaso. Con el objetivo de identificar la respuesta de los grupos funcionales de diatomeas al hábitat y las características fisicoquímicas en los ríos andinos tropicales de la ecorregión cafetera colombiana, el estudio se realizó en pequeños arroyos de las cuencas de los ríos La Vieja y Otún. Para el análisis de la ecología funcional se utilizaron tres enfoques (rasgos funcionales, grupos morfológicos y gremios). Se utilizaron regresiones lineales múltiples para determinar la relación entre los grupos funcionales y los predictores múltiples. Se obtuvo una estrecha relación con las variables fisicoquímicas (turbidez, velocidad, NH4 +, NO3-, PO43 +, SiO2 y alcalinidad), confirmando su potencial uso como indicadores de cambios en las concentraciones de nutrientes. Los sistemas productivos se relacionaron con la disponibilidad de luz y nutrientes en los arroyos. Estos resultados contribuyen al conocimiento de la ecología funcional y potencialmente pueden utilizarse para establecer indicadores de la calidad de los ríos andinos.