En esta investigación se pretende demostrar las dificultades institucionales en los procesos de la Justicia Transicional en Guatemala y Colombia, frente a los vacíos que se presentaron en ambos Estados respecto a una eficaz disolución y reintegración de las organizaciones paramilitares.
Teniendo en cuenta lo anterior, se realiza un diagnóstico teórico sobre las siguientes reglamentaciones; Ley del Fortalecimiento del Poder civil de 1996 en Guatemala y La Ley de Justicia y Paz 975/2005 , enfocándose principalmente, en cómo estos aparatos jurídicos y técnicos no lograron su objetivo inicial, el cual era la superación del pasado violento para lograr que los integrantes de las PAC y las AUC se reintegraran pacíficamente en la sociedad civil.
Por el contrario, fueron tantos los problemas de esos entramados jurídicos que no lograron su objetivo esencial, el cual era garantizar el derecho a la no repetición de los actos violentos, lo cual conlleva a un efectivo desmonte del aparato de guerra, sin que persistan estructuras armadas. Sin embargo, en la investigación se evidencia cómo después de la desmovilización de los grupos paramilitares en ambos Estados, persistieron estructuras armadas vinculadas al tráfico de armas, de drogas y a la delincuencia organizada. En Guatemala a estos grupos delincuenciales las instituciones del Estado y los académicos, los reconocieron como los poderes ocultos y grupos clandestinos. Por su parte, en Colombia el Ministerio de Defensa y los académicos, los etiquetaron como sucesores de los paramilitares.