El acceso, uso y apropiación de los conocimientos tradicionales (CT) asociados a la biodiversidad tienen un lugar central en el debate político mundial, en la economía global, en las agendas gubernamentales y en las discusiones de los movimientos sociales en América Latina. Desde el modelo de desarrollo neoliberal tanto los CT como las semillas son bienes económicos, apropiables y susceptibles de regulación y control de acuerdo a intereses comerciales particulares. Por otro lado, para muchas comunidades las semillas son patrimonio colectivo, sustento del alimento y la cultura; llevan implícita la vida, la diversidad y contienen en sí mismas conocimientos acumulados de muchas generaciones de agricultores en todo el mundo. Entendiendo que las semillas y los conocimientos alrededor de ellas son bienes comunes que conforman una unidad estructural de la vida de campesinos, indígenas y afrodescendientes, en este trabajo se argumenta que los derechos colectivos son el sustento ético jurídico adecuado para su protección ante procesos de apropiación desde el sistema de propiedad intelectual individual. Para ello, se contrasta la perspectiva estatal colombiana (legislación y políticas públicas) con las propuestas normativas originadas desde diversas organizaciones sociales alrededor del tema. Del análisis de estas dos perspectivas y a partir de un enfoque de la bioética global, se caracterizan los conocimientos tradicionales desde la noción de pluralismo epistemológico, las semillas como patrimonio colectivo y los derechos colectivos como categoría histórica que en el contexto colombiano fundamentan la necesidad de construir políticas públicas de protección.