El monitoreo de la comunidad fitoplanctonica y zooplanctónica del Estero Real tuvo como objetivos determinar mediante análisis cualitativos y cuantitativos el estado de estas poblaciones, para ello se realizaron muestreo mensuales durante un año iniciando en el mes de mayo del 2001 hasta abril del 2002, la toma de muestra se hizo seis puntos, cuatro distribuidos de forma equidistante en el caudal principal (Torrecillas, Camilo Ortega, Puerto Morazán y COOPROCAM) y dos en los ramales principales del Estero (Torrecillas y los Perejiles). Los análisis cualitativos del fitoplancton indican que esta población estuvo representada principalmente por las clases Bacillariophytas, Cyanophyta, Chlorophyta y Dinoflagelida. Fue la clase Bacillariophyta la de mayor densidad poblacional y número de géneros identificados, esta predominó en los puntos de muestreo de Torrecillas, Puerto Morazán y COOPROCAM. La clase Cyanophyta fue de segunda en importancia de acuerdo a la densidad poblacional promedio y géneros identificados, predominó en las estaciones de Camilo Ortega y Los Perejiles. De los grupos de zooplancton identificados los dominantes fueron los protozoos, seguido por Arthropoda y Aschelminthes. Los meses de mayor población planctónica fue de julio a noviembre para el Fitoplancton y julio a septiembre para el zooplancton, ambas poblaciones se mantuvieron bajas de diciembre a abril. La máxima densidad poblacional promedio se registro en agosto para el zooplancton con 4,470 org/l y en octubre para la población de fitoplancton con 10,555 cel/ml. La estaciones de muestreo de COOPROCAM y Los Perejiles fueron de más productivas tanto en fitoplancton como en zooplancton con poblaciones promedio de: COOPROCAM 7,423 cel/ml de fitoplancton y 4,026 ind/l de zooplancton. Los Perejiles 6,618 cel/ml de fitoplancton y 2,154 ind/l de zooplancton. Puerto Morazán fue el punto donde se registro la más baja densidad poblacional de fitoplancton y Camilo Ortega donde fue menor la densidad poblacional de zooplancton.
