Los migrantes en tránsito que llegan a Tijuana son personas de México y Centroamérica que se instalan en albergues mientras solicitan el asilo en los Estados Unidos. Esto puede tener un impacto en la disponibilidad de alimentos y recursos, lo cual los hace susceptibles a inseguridad alimentaria (IA), alteración del estado nutricional y síntomas de infección gastrointestinal (SIG). Objetivo: Determinar la relación entre el Índice de Masa Corporal (IMC), IA y SIG en una muestra de mujeres migrantes de un albergue de Tijuana. Material y métodos: estudio transversal y analítico. Se aplicó un cuestionario que incluía: percepción de calidad de los alimentos, IA (Food Security Survey Module: Six Item Short Form Economic Research Service, 2012) y SIG en el último mes (Hypothesis Generating Questionnaire for Gastroenteritis Complaint, 1999). Se midió peso (kg) y talla (m) y se obtuvo el IMC (kg/m2). Para el análisis, se aplicó Ji Cuadrado y regresión logística (RM, IC95%) a un nivel de significancia de p ≤ 0.05. Resultados: se incluyeron 96 mujeres procedentes de Honduras (48%), México (25%) y el resto (27%) de El Salvador, Guatemala y Haití (edad: 32 ± 9 años). Se encontró 85% de IA, 62% de sobrepeso y obesidad y 73% de SIG. Se encontró relación entre SIG: diarrea (p = 0.01), dolor estomacal (p = 0.0007), inflamación (p = 0.000), náuseas (p = 0.0007) y mala apariencia de alimentos (p = 0.000) con el nivel de IA, respectivamente. Se encontró asociación entre la IA y el riesgo de presentar mayor frecuencia de SIG, RM 8.3 (IC 95% 2.9-23.8, p = 0.00), no se encontró relación entre IMC con IA o SIG. Conclusiones: existe asociación entre la IA y los SIG, se requieren propuestas de intervención enfocadas a mitigar la vulnerabilidad por acceso a los alimentos y enfermedades infecciosas en migrantes transitorios.