Híbridos interespecificos y parentales de 11 cruces de lulo (solanum quitoense) y 2 tomate de árbol (solanum betaceum), pertenecientes a programas de mejoramiento de frutales andinos en Colombia, fueron evaluados usando marcadores moleculares COSII, para ser usados como herramienta confiable para discriminar individuos en programas de mejoramiento. Se encontraron 26 marcadores COSII polimórficos en lulo y 17 en tomate de árbol en todas las poblaciones analizadas.