Los marcadores del cromosoma Y se han descrito como una herramienta útil en la genética forense de hoy debido a que ayudan a complementar casos de identificación y abuso sexual. Se determinaron los haplotipos de 406 individuos para 17 marcadores Y-STR, teniendo en cuenta los marcadores del Haplotipo Mínimo Europeo (DYS19, DYS385 a/b, DYS389I, DYS389II, DYS390, DYS391, DYS392 Y DYS393) y adicionalmente se analizaron los sistemas DYS438, DYS439, DYS437, DYS448, DYS456, DYS635 y Y-GATA-H4. Empleando el kit Y FILER de Applied Biosystems. Se observaron 378 haplotipos, de los cuales 353 son haplotipos únicos y los 25 restantes se encuentran representados 2, 3 o 4 veces para los haplotipos más frecuentes. Este hallazgo confirma que el 93,4% de los individuos analizados no están emparentados por línea paterna que el muestreo realizado fue al azar y que son lo suficientemente heterogéneos para ser utilizados en casos de rutina en los laboratorios de genética forense. La presencia de un gran número de individuos con haplotipos únicos (353/406) refleja la gran diversidad genética que presenta esta muestra tomada a partir de las poblaciones de Bogotá y Santander La diversidad haplotipica total para las poblaciones estudiadas fue de 0,9996 supera las encontradas para otros estudios poblacionales. Este hallazgo puede deberse a que en la mayoría de estudios poblacionales realizados en cromosoma -Y hasta el momento solo han utilizado los marcadores que conforman el haplotipo mínimo europeo (9 marcadores) y en otros estudios el haplotipo mínimo extendido (11 marcadores) y no se han utilizado los 17 marcadores analizados en este estudio. Se ha observado que a medida que se incrementa el número de marcadores Y-STR, la diversidad haplotipica también aumenta. Utilizando los 17 marcadores STR del cromosoma ?Y se obtuvo una amplia heterogeneidad genética en las poblaciones de Bogotá y Santander, lo que hace que los datos reportados en este estudio sirvan como herramienta poblacional de referencia para análisis con fines forenses y de filiación con marcadores de este cromosoma en las poblaciones de Bogotá y Santander.