El desarrollo y producción de proteínas recombinantes con fines industriales o farmacéuticos, hoy en día es objeto de investigación a nivel mundial debido al menor costo económico y sostenibilidad ambiental respecto a medicamentos sintéticos. En este trabajo se presenta el modelamiento y optimización de la producción de una proteína recombinante en el microorganismo Pichia Pastoris. Como Primera medida se muestra el proceso utilizado para desarrollar y caracterizar el modelo que representa el comportamiento del microorganismo P.Pastoris a partir de cuatro experimentos que fueron desarrollados por el Instituto de errores innatos del metabolismo IEIM. Posteriormente se desarrolla y formula el problema de optimización con la finalidad de encontrar la mejor estrategia de cultivo del sistema, y finalmente se valida esta respuesta desarrollando un experimento implementando la solución y obteniendo un incremento en la producción de proteína del 28,6 [ %] respecto al mejor resultado de los experimentos disponibles.