En este artículo sostenemos que la masacre de Machuca ocurrida en 1998 abre cabida a la “Teoría de la Autoría Mediata en Estructuras Organizadas de Poder” en el ámbito jurídico Colombiano. El problema a tratar, radica en torno al análisis de la aplicabilidad de la teoría, habida cuenta que el artículo 29 del Código Penal colombiano limita la responsabilidad a quien realice “la conducta punible por si mismo o utilizando a otro como instrumento”. Para probar la viabilidad de la aplicación de la teoría en el caso colombiano el artículo se divide en tres partes: En la primera se plantea la teoría de Roxin sobre la autoría mediata en virtud de estructuras de poder; En la segunda parte se hará una aproximación a problemas que se han presentado en la aplicación de esta teoría por los tribunales internos que han hecho uso de ella, y veremos como el Estatuto de Roma pone fin a algunas discusiones doctrinales sobre la teoría. Finalmente, se analizará el Artículo 29 del Código Penal colombiano que nos permite afirmar que debe hacerse una interpretación amplia de dicha norma que permita la aplicación de la teoría en cuestión, como se muestra por el concepto del procurador en el caso Machuca.