Los mamíferos acuáticos se ven afectados por diferentes actividades antropogénicas que causan un efecto negativo a las especies o poblaciones en Colombia. Para lograr mitigar estos impactos se requiere del conocimiento del listado de estas amenazas a nivel espacial y por especie. Aquí se realizó una revisión y georreferenciación de las amenazas documentadas para los mamíferos acuáticos (marinos y dulceacuícolas) en Colombia (41 especies) entre 1991 y 2020. Se creó una base de datos con amenazas identificadas, localizadas y fechadas. Adicionalmente se crearon mapas de amenazas, superponiendo los diferentes taxones y amenazas para poder visualizar un panorama general de donde están ocurriendo las amenazas en Colombia. Se observó que más de la mitad de los mamíferos acuáticos en Colombia registran al menos una amenaza (22 especies). Las amenaza de captura incidental e interacciónes con artes de pesca afectó a la mayoría de las especies (16 especies), seguida de la captura directa (9 especies) y tráfico de embarcaciones (6 especies). La actividad humanas directa, principalmente la pesca fue la principal fuente de amenaza que afectaron a la mayoría de las especies (17 especies). Zonas del Pacifico Oriental Tropical, alrededores de la isla Gorgona, Buenaventura, Bahía Málaga, Bahia Cispatá, Golfo de Morrosquillo, Puerto Nariño, Puerto Carreño, alrededores de Santa Marta y Cienaga Grande se identificaron como los lugares en Colombia donde los mamíferos acuáticos possen la mayor afectación por amenazas. Se recomienda evaluar en detalle el estado y conservación de las especies de mamíferos en Colombia dada la escases de información publicada; en particular para ciertas especies en estos lugares identificados como críticos y tomar acciones de manejo que propendan evitar que las poblaciones disminuyan su densidades poblacionales a valores críticos.