Colombia es considerado un país rico en recursos hídricos. Sin embargo, esta afirmación ha cambiado mucho en los últimos diez años, debido a la tala indiscriminada de árboles, el calentamiento global, la contaminación ambiental, entre otros. La pérdida de la calidad del agua en Colombia es un problema que afecta a un alto porcentaje de la población, siendo los estratos bajos los más vulnerables. El objetivo de esta investigación fue realizar un análisis comparativo de la inversión, operación y mantenimiento (O & M), para el tratamiento de aguas residuales en pequeñas comunidades naturales de Colombia (500-30,000 hab.) Y desarrollar un conjunto de herramientas (ecuaciones, gráficos y tablas) para estimarlos como soporte para la toma de decisiones. Esto se logró con una simulación donde los costos de las variables climáticas, los parámetros de calidad del agua, costos de materiales, mano de obra y tierra se generaron de forma aleatoria, variando entre los intervalos investigados para Colombia. Estas variables de entrada se utilizan para diseño de 15 diferentes combinaciones de tecnologías de tratamiento naturales, tales como tanques sépticos, laguna anaeróbica, facultativa y de maduración, humedales flujo libre y de flujo subsuperficial. Para cada uno de estos escenarios se estimaron los costos de inversión, O & M, esta información fue guardada en una base de datos. Gráficos comparativos de los costos muestran las diferencias entre las combinaciones de tecnologías, la influencia de las principales variables de entrada en los costos de inversión inicial, operación y mantenimiento.