Los probióticos han entrado en auge en los últimos años por su aplicación como medicina preventiva y en el campo agrícola se ha buscado reducir el uso de antibióticos promotores de crecimiento (APCs), mejorar la alimentación de los animales y también, evitar las enfermedades causadas por patógenos entéricos. En este estudio se aplicaron metodologías para el aislamiento de microorganismos con presuntiva capacidad probiótica a partir de heces de vertebrados como aves (gallinas de engorde), ganado porcícola (cerdos de engorde), ganado vacuno (rumiantes de engorde) y caninos (como mascotas domésticas). Se identificaron un total de 60 microorganismos mediante pruebas bioquímicas usando baterías API (Biomerieuxª) obteniendo bacterias Ácido Lácticas como Lactococcus lactis ssp. lactis, Lactobacillus rhamnosus, L. pentosus, L. paracasei ssp. paracasei y L. brevis. Bacilos esporulados como Bacillus subtilis/amyloliquefaciens, B. megaterium y B. licheniformis. Se identificaron levaduras sin reportes bibliográficos encontrados en cuanto a probiosis Geotrichum sp., Kloeckera sp., Cryptococcus terreus y varias especies de Candida. Los resultados obtenidos son preliminares para la futuros estudios que permitan la evaluación de la capacidad probiótica de estas cepas tanto in vitro como In vivo.