Estudio de las propensiones conformacionales del amino acido l-glutamato en regiones altamente estructuradas de proteínas resueltas por cristalografía de rayos x

Abstract

Aunque el estudio de la conformación en biomoléculas es fundamental para el entendimiento de sus funciones biológicas, la información concerniente a estudios estructurales y conformacionales de las estructuras de macromoléculas a partir de los datos reportados experimentalmente resonancia magnética nuclear (RMN) y cristalografía de rayos X (DRX) y de los estados estructurales preferenciales particularmente para proteínas y los residuos de aminoácidos que las constituyen son limitados y en muchos casos inexistentes. El estudio de aminoácidos como el L-glutamato o como el de otros compuestos requiere del conocimiento de parámetros básicos como las propiedades específicas de la molécula, las cuales constituyen la fuente de información primaria. Sin embargo, la información reportada sobre los parámetros moleculares y estructurales básicos que permitan derivar información biológica para proponer modelos de correlación estadística es escasa o en muchos casos inexistente| por lo cual se hace necesario desarrollar estudios que permitan establecer relaciones entre las variaciones de las variables internas (distancias de enlace, ángulos de enlace y ángulos diedros) de las estructuras macromoleculares y las regiones altamente estructuradasque juegan un papel importante en la función de esta. De acuerdo con lo anterior el presente trabajo consistió en el análisis estructural de los glutamatos pertenecientes a las proteínas resueltas por cristalografía de rayos X y reportadas en el banco de datos de proteínas PDB hasta Septiembre de 2009 PDB. Este estudio aplicó algoritmos matemáticos para inferir estadísticamente la relación entre las variables internas derivadas de las coordenadas atómicas reportadas experimentalmente para los glutamatos y su respectiva posición en regiones altamente estructuradas de las proteínas.