Análisis genético del polimorfismo del virus de la inmunodeficiencia humana en pacientes colombianos

Abstract

Objetivo. La resistencia a los medicamentos antirretrovirales se ha asociado con mutaciones características en los genes que codifican las enzimas que son el blanco de la terapia antirretroviral. En el presente trabajo se busca evaluar, desde el punto de vista cualitativo y cuantitativo, las diferentes mutaciones reveladas por la tipificación molecular de virus procedentes de diferentes pacientes remitidos al Instituto de Referencia Andino, en Bogotá, para la genotipificación con fines terapéuticos.Diseño: Se hizo la tipificación de un total de 1.064 mutaciones diferentes en virus procedentes de 16 pacientes no relacionados entre sí, con solicitud de genotipificación del VIH para análisis de sensibilidad a antirretrovirales. Se procedió a la tabulación de las mutaciones encontradas en cuatro categorías principales: a-mutaciones asociadas a resistencia, b- mutaciones silenciosas, c- polimorfismos genéticos por fuera de los sitios asociados a resistencia, y de mutaciones en sitios de resistencia que hasta el momento no han sido asociadas a resistencia.Metodología. Se seleccionaron, en estricto orden de llegada, 16 muestras de sangre en EDTA de pacientes con solicitud de genotipificación del VIH para análisis de sensibilidad a antirretrovirales. Se extrajo el ARN viral de cada muestra por el método QIAamp® y se procedió a su amplificación por medio de la PCR con transcriptasa inversa (RT-PCR). Una vez amplificado el ácido nucleico viral, se procedió a su tipificación molecular en el secuenciador LongReadTower-Opengene®, utilizando el estuche Trugene HIV-1®. Las secuencias obtenidas se transcribieron a hoja electrónica Excel®, y se hizo un cálculo de frecuencias de mutaciones por conteo directo. Resultados. Se revelaron por el método de secuenciación viral 1.064 mutaciones diferentes entre las que solamente 164 (15,4%) estaban asociadas a resistencia a los antirretrovirales (68 en el gen de la retrotranscriptasa o transcriptasa inversa y 96 en el gen de la proteasa). El 84,5% restante corresponde a polimorfismos (n=301), mutaciones silenciosas (n=564) y a otras mutaciones (n=35) que hasta el momento no han sido asociadas con resistencia, pero que pueden ser fuente de fracasos recurrentes en los tratamientos antirretrovirales. Se encontraron tres genotipos virales idénticos en tres pacientes de diferente procedencia en el país, lo cual puede constituir un indicador de utilidad ejemplar para la trazabilidad epidemiológica de esta virosis, en la medida en que la coincidencia de perfiles de mutación en virus aislados a partir de diferentes pacientes se puede asociar a la infección con una misma cepa circulante en una región determinada. Se presenta la cartografía molecular de las 1.064 mutaciones diferentes identificadas en 16 pacientes estudiados, enla cual se revelan codones cuya secuencia muta con mayor frecuencia. Entre los que están asociados con resistencia al tratamiento antirretroviral, se encontró que el codón 63 de la proteasa, con 18 mutaciones, y el codón 184 de la retrotranscriptasa, con 14 mutaciones, alojaron la mayor cantidad de variantes en losvirus secuenciados en este estudio preliminar. Conclusiones. La tipificación genética del VIH puede servir de fundamento molecular a investigaciones epidemiológicas, más allá de su evidente utilidad en el estudio de la resistencia a antirretrovirales, para lo cual se están utilizando exclusivamente estos análisis hoy en día.