Objetivo: caracterizar y evaluar los sistemas de información del sector salud en Colombia. Metodología: Se desarrolló un marco conceptual que incluyó contexto legal del país y conformación de sistemas de información en otros países. Posteriormente se caracterizó el sistema de información de salud colombiano, a partir de entrevistas con actores relevantes y literatura pertinente. Finalmente, se analizó la conformación del sistema, el flujo de información y las fortalezas y debilidades de éste, para la posterior formulación de recomendaciones. Resultados y conclusiones: el sistema de información en salud colombiano se encuentra fragmentado y presenta problemas de calidad, situación similar a la de otros países. Es esencial el desarrollo de una cultura de producción, difusión y utilización de la información. Se debe aprovechar el momento de cambio que sufre el sistema de salud para buscar la mejoría de la información. Los mecanismos de captura de la información requieren una simplificación y estandarización.