En el marco conceptual de la nueva ruralidad se presenta y analiza el contexto y proceso de elaboración participativa del Proyecto Educativo Institucional (PEI) de una escuela rural. Corresponde a una investigación cualitativa que estudia la relación entre escuelas y comunidades rurales; la construcción participativa del PEI de la escuela rural Tranapuente entre 2012 y 2015; y los principales efectos, es decir, su misión y visión, ejes curriculares de biodiversidad e interculturalidad, relación entre comunidad escolar y territorio local en sus dinámicas de continuidad y cambio. Concluye que un proceso de elaboración del PEI y de gestión participativa es condición para la reconstrucción de los sentidos de la escuela rural, del mejoramiento del currículo y de aprendizajes interculturales.