La bioprospección es la búsqueda sistemática de usos sostenibles y con fines comerciales de los elementos genéticos y bioquímicos de la biodiversidad. En Nicaragua realizamos bioprospección de enzimas de restricción (ER) de interés biotecnológico desde el año 1999. A través de esta investigación buscamos nuevas ER en bacterias de suelos en ambientes aún inexplorados, como zonas volcánicas y agrícolas del país. Aquí reportamos la identificación de isoesquizómeros de 14 ER conocidas: BamHI, EcoRV, MboI, MaeI, HaeIII, EarI, BsoBI, BsaBI, Acl I, BsaWI, Nci I, BstNI, BssSI y HpaII, las 8 últimas termoestables. La información de las ER encontradas en Nicaragua fue registrada en REBASE (Restriction Enzyme Database). Resaltamos la importancia del estudio de la biodiversidad microbiana de los ambientes volcánicos nicaragüenses, ya que favorece la investigación de la evolución de la vida, los extremos donde podemos encontrarla y sus aplicaciones a la biotecnología.