Ensamble de novo del transcriptoma del tubérculo del cubio (Tropaeolum tuberosum Ruiz & Pavón)

Abstract

El cubio (Tropaeolum tuberosum Ruiz & Pavón) es un cultivo huérfano que forma parte del grupo de tubérculos andinos junto con la ruba o ulluco (Ullucus tuberosus Caldas) y la ibia u oca (Oxalis tuberosa Molina). Es una especie de alta variabilidad morfológica y bioquímica, que representa una fuente nutricional importante de la mano con un arsenal de metabolitos secundarios bioactivos de interés. Sin embargo, los mecanismos moleculares que subyacen a estas propiedades no han sido dilucidados hasta la fecha. Por ello, la presente investigación tuvo como objetivo generar un primer recuso genómico para esta especie con miras a soportar futuros estudios funcionales que permitan abordar, desde una perspectiva molecular, esta diversidad metabólica y otras propiedades de interés que ofrece este cultivo nativo de los Andes. Para esto, se realizó un ensamble de novo y anotación del transcriptoma del tubérculo del cubio con miras a identificar las funciones biológicas y rutas metabólicas expresadas y más representadas en este órgano. Como resultado se obtuvo un ensamble de calidad con métricas de composición superiores, en donde se encontraron funciones biológicas relacionadas con la biosíntesis de compuestos nitrogenados (aminoácidos esenciales, fenilpropanoides, flavonoides y alcaloides), y de pigmentos y compuestos antioxidantes (carotenoides, antocianinas, quercetinas y ácido ascórbico). Adicionalmente, se hallaron procesos asociados con la respuesta de defensa al estrés biótico, donde fitoalexinas y glucosinolatos presentaron un rol importante. Estos hallazgos soportan características reconocidas en el cubio como su resistencia a plagas y patógenos y presencia de metabolitos con actividad antioxidante. Así, este primer transcriptoma de referencia obtenido para el tubérculo del cubio representa una contribución significativa para profundizar en su conocimiento, permitiendo futuras investigaciones que permitan caracterizar y valorar al cubio como un importante recurso genético y nutricional.