Influencia de los iones Mg+2 sobre la interacción entre el ácido 3,5- dicafeoilquínico y la integrasa del HTLV-I.
Influência dos íons Mg2+ sobre a interação entre o ácido 3,5-dicafeoilquínico e a integrase do HTLV-I.
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Peña, Ángela; Laboratorio de biología molecular y patogénesis. Departamento de ciencias fisiológicas. Escuela de ciencias básicas. Departamento de Salud.
Universidad del Valle. Sede San Fernando. Cali, Colombia.
Yosa, Juvenal; Universidad Distrital Francisco José de Caldas. Facultad de ciencias ambientales. Ingeniería ambiental.
Av. Circunvalar Venado de Oro., Bogotá, Colombia.
Cuesta-Astroz, Yesid; Laboratorio de biología molecular y patogénesis. Departamento de ciencias fisiológicas. Escuela de ciencias básicas. Departamento de Salud.
Universidad del Valle. Sede San Fernando. Cali, Colombia.
Acevedo, Orlando; Laboratorio de bioquímica computacional y estructural y bioinformática. Departamento de nutrición y Bioquímica.
Facultad de ciencias. Pontificia Universidad Javeriana. Bogotá, D,C. Colombia
Lareo, Leonardo; En Paz Descanse, Rest in Peace
García-Vallejo, Felipe; Laboratorio de biología molecular y patogénesis. Departamento de ciencias fisiológicas. Escuela de ciencias básicas. Departamento de Salud.
Universidad del Valle. Sede San Fernando. Cali, Colombia.
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Objetivo: Usando simulação molecular, estudamos a influência dos íons Mg2+ na interação do domínio catalítico da integrase HTLV-I (IN) (modelado por homologia) com o ácido 3,5-dicafeoilquínico (3,5-diCQA). Materiais e métodos: O modelo de homologia da HTLV-I IN foi construído utilizando como fôrma a estrutura cristalina da IN de vírus do sarcoma aviário (VSA, pdb: 1VSD). Para analisar o papel dos íons Mg2+ na interação com o 3,5-diCQA e a integrase, três modelos foram criados: i) na ausência de íons Mg2+, ii) com um íon Mg2+ coordenado com Asp15 e Asp72 e, iii) com dois íons Mg2+ coordenados com Asp15-Asp72 e Asp72-Glu108. As forças de interação e a energia livre de ligação entre o 3,5-diCQA e a HTLV-I IN foram calculadas nos três modelos. Resultados: A pontuação mais baixa no docking e a menor energia livre foram obtidas para o modelo com um único íon de Mg2+. O Mg2+ afeta fortemente o acoplamento do inibidor 3,5-diCQA com o domínio catalítico da HTLV-I IN, revelando uma forte interação entre o complexo ligando-proteína que é independente do sítio catalítico dos três modelos utilizados. Conclusão: Os resultados sugerem que a presença de um íon Mg2+ poderia aumentar a interação no complexo devido à diminuição da energia livre, aumentando assim a afinidade. Assim, propomos ao 3,5-diCQA como farmacóforo para a fabricação de medicamentos antirretrovirais.Palavras-chave: ácido 3,5-dicafeoilquínico (3,5-diCQA). Integrase linfotropica-T humana Tipo I (HTLV-1), integrase (IN), Modelo por homologia, Molecular Docking, Energia livre de ligação, íons Mg2+.Objetivo: Usando simulación molecular, estudiamos la influencia de los iones Mg2 + en la interacción del dominio catalítico de la integrasa HTLV-I (IN) (modelado por homología) con el ácido 3,5-Dicafeoilquínico (DCQA). Materiales y métodos: El modelo por homología de la HTLV-I IN fue construido usando como molde la estructura cristalina de la IN del virus del sarcoma aviar (VSA, pdb: 1VSD). Para analizar el rol de los iones Mg2 + en la interacción con el DCQA y la integrasa, tres modelos fueron creados: i) en ausencia de iones Mg2 +, ii) con un ion Mg2 + coordinado con Asp15 y Asp72 y iii) con dos iones Mg2 + coordinados con Asp15-Asp72 y Asp72-Glu108. Las fuerzas de interacción y la energía libre de unión entre el DCQA y la HTLV-I IN fueron calculadas en los tres modelos. Resultados: El puntaje más bajo en el docking y la menor energía libre fueron obtenidos para el modelo con un solo ion de Mg2 +. El Mg2 + afecta fuertemente el acoplamiento del inhibidor DCQA con el dominio catalítico de la HTLV-I IN, revelando una fuerte interacción entre el complejo ligando-proteína que es independiente del sitio catalítico de los tres modelos usados. Conclusión: Los resultados sugieren que la presencia de un ion de Mg2 + podría incrementar la interacción en el complejo debido a la disminución de la energía libre, intensificando así la afinidad. Por lo que, proponemos al DCQA como farmacóforo para el diseño de drogas antiretrovirales.Palabras clave: ácido 3,5-Dicafeoilquínico (DCQA). Integrasa linfotrópica-T humana Tipo I (HTLV-1), Integrasa (IN), Modelo por homología, Docking molecular, Energía libre de unión, Iones Mg2+.
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