El proceso de independencia ocasionó que las vacancias en las diócesis se extendieran de manera inusitada por motivos que por primera vez escapaban a los propiamente naturales o administrativos. En el periodo comprendido entre 1810 y 1827, tanto la Corona como la Santa Sede instrumentalizaron el nombramiento de obispos con el único fin de presionar políticamente a los gobiernos neogranadinos y entorpecer su emancipación. Esta decisión articulada terminó jugando en contra de los intereses de la Santa Sede que tuvo que decidir entre apoyar a España o a los fieles católicos en América, lo que finalmente terminó sucediendo gracias, entre otras razones, a una situación políticamente favorable en Europa y a una estrategia de alta diplomacia emprendida desde Bogotá.