Con el fin de determinar la utilidad de la técnica AFLP como herramienta de soporte para los diagnósticos morfológicos en variedades pertenecientes al programa de Derechos de Obtentor de Variedades Vegetales del Instituto Colombiano Agropecuario -ICA-, se genotipificó una población constituida por 14 variedades de arroz (O. Sativa). Se probaron dos nuevas combinaciones de iniciadores AFLP y cuatro reportadas en literatura, evidenciándose la mayor resolución y porcentaje de polimorfismo con las combinaciones E-AGC, M-CAC y E-AAC, M-CTA, los resultados obtenidos arrojaron un polimorfismo entre 60 y 100%, con un rango de 25-46 bandas totales y cinco bandas únicas, datos afines con la literatura y estudios recientes adelantados por el ICA con marcadores moleculares RAMS. Se construyeron dendogramas empleando el coeficiente de Dice y el algoritmo UPGMA, lo que permitió evidenciar el agrupamiento de las variedades Oryzica Caribe 8, Oryzica Yacu-9, Oryzica 1, Progreso 4-25, Inproarroz 1525, Coprosem 1 y Aceituno 25-40, en el cual los mayores porcentajes de similaridad se presentaron entre las variedades Oryzica 1, Aceituno 25-40 y Coprosem 1, con más del 90%. Las variedades Coprosem 2 y Selecta se mostraron como las más disímiles. La técnica AFLP permitió establecer diferencias entre las variedades de estudio, poniendo en evidencia su capacidad para diferenciar genotipos o variedades previamente establecidas y de esta forma contribuir y apoyar las pruebas de distinción, homogeneidad y estabilidad (DHE) empleadas en el programa de Protección a los Derechos de Obtentor de Variedades Vegetales.