El mestizaje y su relación con la historia eclesiástica del Nuevo Reino de Granada en el siglo XVI, ha sido un tema que ha recobrado un interés en la disciplina histórica. La presente investigación busca analizar ambos fenómenos desde una perspectiva microhistórica entre 1564 y 1590. A través de la trayectoria de vida de Andrés Romero, primer clérigo mestizo del territorio (1565) se comprenderá el mestizaje como un fenómeno flexible y ambiguo, del que depende el contexto en el que se enunciaba al mestizo, más no quién era el mestizo. De igual forma, se pretende ubicar el lugar de este individuo en la historia eclesiástica de la región, preguntándonos cuál fue su influencia en los dos primeros arzobispados del Nuevo Reino de Granada en términos de la evangelización del territorio. Debido a las respuestas que esta historia de vida nos puede dar, proponemos una nueva metodología para analizar el mestizaje y repensar la historia de la Iglesia en el mundo colonial.