Partiendo de los años previos a su llegada a Madrid, y pasando por cada una de las vicisitudes que vivió en el verano de 1760 hasta zarpar de la bahía de Cádiz en la flota del nuevo virrey, veremos a Mutis comentando a bordo sucesos relativamente desconocidos, hasta llegar a la bahía de Cartagena de Indias. Después de una estadía en este puerto, Mutis se encaminará a Santafé, siguiendo el principal eje fluvial del Nuevo Reino. A partir de este viaje ascendente, nos relata, siempre maravillado, sus encuentros con plantas, animales y seres humanos que se suceden en su mente como objetos y sujetos de sus conjeturas científicas.