Se busca estudiar alternativas de computación de alto desempeño (HPC) viables en la PUJ para generar opciones que permitan potenciar la e-Science y el trabajo interdisciplinario. Para ello se revisó el estado del arte y la necesidad de HPC, observando posibles problemas que demuestren las ventajas de tener un sistema con estas características, se diseñó un experimento de simulación utilizando clusters computacionales diferenciados según capacidad y cantidad de procesadores| se seleccionaron las moléculas según resultados experimentales, se seleccionaron variables independientes, dependientes e intervinientes para preparar y configurar las simulaciones. Se desarrollaron scripts y programas para replicar configuraciones en las máquinas.